办公室：负责党工团管理、文秘管理、行政后勤事务管理、制度体系流程管理、档案管理、企业文化管理、法务管理、人力资源管理、纪检监察审计、计划管理、绩效管理、安全施工和质量的检查监督、明源系统运行等方面工作；
财务部：负责全面预算管理、成本核算管理、资金管理、工程款审核与支付、协助融资等方面的工作；
合约部：负责招投标管理、合同管理、采购管理、工程预结算管理、工程款支付审核、参与工程的签证、变更等方面工作；
市政一部：负责中心城区，除北部湾现代产业园之外的市政工程代建工作；负责征地拆迁对接、管线土建前期、管线土建施工管理、工程质量安全管理、工程竣工验收、资料和项目移交、工程款支付审核、结算报送工作、参与合同管理、对接项目招标等方面工作；
市政二部：负责北部湾现代产业园、吴圩空港经济区城市主干道和公共配套设施的代建工作；负责征地拆迁对接、管线土建前期、管线土建施工管理、工程质量安全管理、工程竣工验收、资料和项目移交、工程款支付审核、结算报送工作、参与合同管理、对接项目招标等方面工作；
房建工程部：负责中心城区、吴圩片区房建类项目的代建工作；负责征地拆迁对接、管线土建前期、管线土建施工管理、工程质量安全管理、工程竣工验收、资料和项目移交、工程款支付审核、结算报送工作、参与合同管理、工程签证、工程变更等方面工作。
